Orcas musegennemgang-funktion får Orca til at præsentere objektet under musemarkøren. I modsætning til Orcas flad gennemgang-funktion er musegennemgang ikke begrænset til det aktive vindue; Orca forsøger i stedet at bestemme hvilket tilgængelige objekter, der visuelt befinder sig under markøren, efterhånden som du flytter musen. Hvis du har flyttet markøren over et tilgængeligt objekt, som har information, der kan præsenteres, vil Orca præsentere objektet og dets information.

Da aktivering af musegennemgang får Orca til at lytte efter, og så behandle, alle ændringer af musemarkørens placering, er funktionen som standard deaktiveret. For altid at have den aktiveret, tilvælges afkrydsningsboksen Oplæs objekt under mus, som findes på siden Generelt i Orcas indstillingsdialog. Derudover kan du finde en ubundet kommando kaldet Tilstanden Musegennemgang til/fra på siden Tastebindinger i den samme dialogboks. Ved at binde kommandoen som beskrevet i Introduktion til tastebindinger, kan du aktivere og deaktivere musegennemgang efter behov.